Het laatste uur van de populaire virtual reality game Yggdrasil is aangebroken. Momonga, een machtige tovenaar in het spel, besluit echter zijn laatste momenten in het spel door te brengen, terwijl de servers beginnen uit te vallen. Tot zijn verbazing is Momonga, ondanks dat de klok middernacht heeft geslagen, nog steeds volledig bij bewustzijn als zijn karakter, en bovendien lijken de niet-spelerpersonages hun eigen persoonlijkheden te hebben ontwikkeld. Geconfronteerd met deze abnormale situatie, beveelt Momonga zijn loyale dienaren om hem te helpen bij het onderzoeken en overnemen van deze nieuwe wereld, in de hoop erachter te komen wat deze ontwikkeling heeft veroorzaakt en of er mogelijk anderen in dezelfde situatie verkeren.